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Die Welle ist ein Klassenexperiment:
Im Mittelpunkt der Handlung stehen der Gymnasiallehrer Rainer Wenger und eine Gruppe von Schülern. Während einer Projektwoche zum Thema „Staatsformen“ bekommt dieser gegen seinen Willen statt des Themas Anarchie das Thema Autokratie zugeteilt. Seine Schüler finden das wiederholte „Durchkauen“ des Nationalsozialismus langweilig und meinen, es bestehe im heutigen aufgeklärten Deutschland keine Gefahr einer Diktatur mehr. Er startet ein Experiment, um seinen Schülern zu demonstrieren, wie einfach es auch heute noch ist, die Massen zu manipulieren und eine Diktatur zu errichten.
Er ändert die Sitzordnung in eine frontal auf ihn gerichtete Position und demonstriert zunächst, wie es ist, wenn man militärähnliche Umgangsformen im Alltag einführt, beim Reden aufstehen muss und schnelle, knappe Antworten zu geben hat. Dann zeigt er den Schülern die Wirkung gemeinsamen Marschierens im Gleichschritt auf der Stelle. Nachdem er sich in persönliche Begeisterung hineinsteigert, weil er den verhassten Kollegen unter ihm dadurch stören kann, springt ein Funke echter Begeisterung auf die Schüler über. Wenger beschließt zu Demonstrationszwecken - darüber klärt er die Schüler nicht mehr auf -, eine Art autokratische Bewegung zu gründen. Zunächst sollen alle Schüler der Gruppe als Erkennungsmerkmal weiße Hemden tragen. Zwei Mädchen protestieren gegen die Aktion, außerdem verlassen drei Jungen das Projekt, davon kehren jedoch kurz darauf zwei zurück. Die Mädchen wechseln schließlich den Kurs, sehen sich aber trotzdem zunehmenden Anfeindungen im Freundeskreis ausgesetzt. Der Kurs erhält weiteren Zulauf durch Mundpropaganda und muss sogar einen Aufnahmestopp verhängen. In ihrer Begeisterung bitten einzelne Schüler den Lehrer, dem Ganzen einen Namen zu geben. Die (noch demokratische) Abstimmung ergibt den Namen „Die Welle“. Der Lehrer erteilt einem zeichnerisch begabten Schüler die Aufgabe, ein Logo zu entwickeln. Daraufhin entstehen in rasender Begeisterung neue Ideen, die Welle zu verbreiten und sich in die Bewegung einzubringen.
Disziplin, Gemeinschaft und Handeln sind die Grundprinzipien der „Welle“. Schüler mit guten Noten werden in einer neuen Sitzordnung neben Schüler mit schlechten Noten gesetzt. Das bricht alte Cliquen auf und fördert den Gemeinschaftsgeist. Gemeinsam ist man stark. Andersdenkende werden ausgegrenzt. Die Schüler identifizieren sich mehr und mehr mit der Bewegung, da jeder Einzelne auch die Vorteile der Bewegung wahrnimmt und die Nachteile ausblendet. Der eher durchsetzungsschwache Schüler Tim wird von anderen Welle-Mitgliedern beschützt, Welle-Mitglieder sichern sich die Vorherrschaft über die Skater-Halfpipe der Schule, sprayen das Welle-Logo nachts in wilden Gruppenaktionen an Wände in der ganzen Stadt und fühlen sich auf einer spontanen Party großartig. Auch die von Wenger trainierte Wasserballmannschaft erfährt einen plötzlichen Zuschauerandrang.
Doch das Experiment läuft aus dem Ruder, Wenger kann die Bewegung nicht mehr aufhalten, geschweige denn die Dynamik erfassen, die sich außerhalb der Schule abspielt. Warnungen seiner Ehefrau, Anke Wenger, Lehrerin an derselben Schule, werden von ihm ignoriert. Stattdessen wird Wenger noch von der Direktorin der Schule gelobt, weil den Eltern eines Schülers dessen positive Wandlung auffällt. Der Schüler Tim, der einer der größten Anhänger der „Welle“ ist, erklärt sich zum persönlichen Leibwächter von Wenger wovon der am Anfang nicht begeistert ist, es aber dann zulässt. Vor allem erkennt Wenger nicht, dass er an der Rolle des Führers Freude gewonnen und sich verändert hat. Als es jedoch zu Bedrohungen und auch Gewalttaten gegen Schüler kommt, die sich der Welle widersetzen, erkennt er die Wahrheit.
Bei einer Vollversammlung führt er den Schülern vor, wie sie selbst unbemerkt eine diktatorische Struktur geschaffen haben, was sie vor ein paar Tagen noch als undenkbar bezeichnet hatten. Zu diesem Zweck hetzt er sie gegen einen kritischen Schüler auf und befiehlt, ihn auf die Bühne zu bringen. Er beschimpft ihn und bezeichnet ihn als Verräter. Dann fragt er einen der Schüler, die den Kritiker auf die Bühne gebracht haben, warum er dies getan habe. Dieser antwortet: „Weil Sie es gesagt haben.“ Nun wirft Wenger ihm vor, dass er den Kritiker auch umgebracht hätte, hätte Wenger es ihm gesagt. Als er ihnen schließlich erklärt, dass alles nur ein Experiment war, wehren sich einzelne Schüler leidenschaftlich. Sie wollen nicht akzeptieren, dass die Welle nur Schein war und nun zu Ende ist. Nachdem sich Wenger gegen diese erste Reaktion mühsam durchsetzen und die Mehrheit überzeugen kann, tritt zunächst betretenes Schweigen unter den Schülern ein.
Kurz darauf eskaliert die Situation vollends: Der Schüler Tim zieht eine Pistole, schießt zunächst einen Mitschüler an und erschießt sich danach selbst. Die Schule ist traumatisiert, Rainer Wenger wird von der Polizei abgeführt.
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